Τα αρχειακά τεκμήρια αποτελούν θεμελιώδη, αναντικατάστατη πηγή γνώσης για την ιστορία και τον πολιτισμό ενός τόπου. Το Ινστιτούτο Ιστορικών Ερευνών του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών με ερευνητικές δράσεις και επιτόπιες αποστολές, που διενεργούνται στο πλαίσιο του ερευνητικού προγράμματος «Ιστορία των Οικισμών της Ελλάδας 15ος-20ός αι.», προσπαθεί να συμβάλει στη συστηματική διάσωση, συγκέντρωση και ανάδειξη τεκμηριωτικού υλικού και να παράσχει αξιόπιστα, ελεύθερα στο διαδίκτυο, εργαλεία έρευνας.

Στον ηλεκτρονικό χώρο του προγράμματος παρέχονται πληροφορίες για το σύνολο των σχετικών ερευνητικών δράσεων. Παρουσιάζονται οι επιτόπιες αποστολές των ερευνητικών ομάδων, καθώς και τα αρχειακά σύνολα που έχουν εντοπιστεί και έχουν γίνει αντικείμενο επεξεργασίας. Έτσι στην ιστοσελίδα περιλαμβάνονται κατάλογοι αρχειακού υλικού ανά νησί των Κυκλάδων. Συγκεντρώνονται ακόμη πληροφορίες σχετικά με τις αρχειακές διαθεσιμότητες ανά νησί μέσα από έρευνα στους καταλόγους αρχειακών φορέων (λ.χ. ΓΑΚ, ΕΛΙΑ, ΙΕΕΕ, ΙΠΑ-ΜΙΕΤ κ.ά.). Παράλληλα, προσφέρεται με ελεύθερη πρόσβαση επεξεργασμένο τεκμηριωτικό υλικό (εκλογικοί κατάλογοι, φορολογικοί κατάλογοι, καταγραφές κατοίκων) μέσω ειδικά συγκροτημένων βάσεων δεδομένων. Τέλος, στόχος της δράσης είναι ακόμη να καταρτιστεί μία ενδεικτική και ταυτόχρονα πλούσια βιβλιογραφία για την τοπική ιστορία των νησιών των Κυκλάδων.

Η Αρχειοθήκη Κυκλάδων στην αρχική της μορφή τροφοδοτήθηκε από την επιτόπια έρευνα που χρηματοδοτήθηκε από την Περιφέρεια Νοτίου Αιγαίου και υλοποιήθηκε σε συνεργασία με τα Γενικά Αρχεία του Κράτους – Αρχεία Νομού Κυκλάδων, με σκοπό τη συγκέντρωση, ευρετηρίαση και προβολή του αρχειακού αποθέματος των Κυκλάδων εστιάζοντας στο αρχειακό υλικό των δήμων και των παλαιών κοινοτήτων τους.

Σήμερα καταβάλλεται προσπάθεια, ώστε να εμπλουτίζεται ο ιστότοπος με νέα ψηφιακά τεκμήρια και βάσεις δεδομένων στο πλαίσιο των ερευνητικών έργων του Ινστιτούτου καθώς και μέσα από νέες συνεργασίες του Ινστιτούτου με άλλους φορείς.